Большая коллекция данных об опухолях мозга REMBRANDT теперь свободно доступна для исследователей
Автор: Артём Галустян
Редакция: Александр Табакаев

Собранные данные об опухолях мозга, в которых содержится информация о 671 взрослом пациенте, собранном из 14 сотрудничающих учреждений, подробно изложены в журнале с открытым доступом Scientific Data, публикуемом издательской группой Nature. «Уже сегодня тысячи исследователей в США и на международном уровне ежедневно регистрируются на сайте базы данных, и ожидается, что вести об этом ресурсе увеличат его использование», — говорит Субха Мадхаван, которая является главным научным сотрудником Медицинского центра Джорджтаунского университета и директором Инновационного центра биомедицинской информатики (ICBI) онкологического центра Ломбарди (Lombardi Comprehensive Cancer Center).

Ресурс данных Джорджтауна уникален во многих отношениях. Одно из них состоит в том, что этот сайт содержит геномную информацию, собранную добровольно с гистологических образцов пациентов, а также диагностическую информацию, включая томограммы мозга, данные лечения и результаты. Большинство других коллекций содержат либо одно либо другое. «Кроме того, интерфейс сайта необычайно прост в использовании», — рассказывает Мадхаван.

«Он основан на веб-сервисах Amazon и имеет простые инструменты анализа данных. Все, что требуется исследователю — это компьютер и интернет-соединение для входа на сайт, чтобы выбирать, фильтровать, анализировать и визуализировать наборы данных о опухоли мозга. Мы хотим, чтобы эти данные были широко использованы самой широкой аудиторией — всем биомедицинским исследовательским сообществом, — чтобы максимизировать количество новых находки и исследований», — объясняет первый автор статьи доктор Юрий Гусев, доцент и преподаватель ICBI. «Наша общая цель состоит в том, чтобы открыть секреты, скрытые в этой биомедицинской и клинической информации для нахождения оптимальных способов диагностики и наиболее благоприятных клинических результатов для этих пациентов».

«Мы только начинаем понимать науку о том, как развиваются эти онкологические заболевания и как лучше их лечить, и такие базы данных, как эта, вероятно, будут очень полезными», — замечает Мадхаван.

Первоначально база данных REMBRANDT была создана в Национальном институте онкологии (NCI) и финансировалась проектом Glioma под руководством соавторов Говарда Фана, доктора медицины из Нью-Йоркской пресвитерианской больницы, и Жан-Клода Зенклусена из Национального института рака. Они собрали данные за период с 2004 по 2006 год.

NCI передал данные в Джорджтаун в 2015 году, и они теперь физически находится на портале Georgetown Database of Cancer (G-DOC), платформе для интеграции и обмена данными по онкологическим заболеваниям наряду с другими исследованиями рака. Исследователи G-DOC во главе с Мадхаван разработали новые аналитические инструменты для обработки информации.

Геномные данные включают в себя специфические гены отдельных опухолей, которые либо чрезмерно экспрессированы, либо недостаточно, и количество повторений этого гена в хромосоме.

«Мы наследуем две копии гена, — одну от мамы и одну от папы — но в опухолевых клетках фрагменты ДНК, содержащие важный супрессор опухоли, могут быть полностью удалены, а онкогены, напротив, усилены. В опухолевой клетке неудивительно видеть хромосому, которая имеет 11 копий гена, каждый из которых может продуцировать токсический белок, который способствует опухоли расти бесконтрольно», — объясняет Мадхаван.

База данных также включает информацию об РНК, которая продуцируется генами (ДНК), и может быть измерена для оценки неуправляемых генов.
Мадхаван рассказывает, что исследователи могут искать интересующий их ген, проверять его экспрессивность, насколько он усилен и связывать это с клиническими результатами. Ученые могут сохранить результаты в своей рабочей области на сайте G-DOC и поделиться с сотрудниками. Учитывая вариативность типов опухолей мозга и наличие приблизительно 20 000 генов, кодирующих белки в геноме человека, «Понадобится прямо таки населенный пункт, — обширная городская агломерация — исследователей, чтобы понять основы развития этих опухолей и придумать эффективные препараты, которые будут нацелены на них».

REMBRANDT включает в себя геномные данные 261 образца глиобластомы, 170 образцов астроцитомы, 86 тканей олигодендроглиомы и некоторое количество образцов, которые являются смешанными или неизвестного подкласса. Конечные данные включают в себя более 13 000 измерений.

Нашли опечатку? Выделите фрагмент и нажмите Ctrl+Enter.