Фармакогеномика в онкологии

Неоднородность результатов химиотерапии онкологических больных является одной из проблем современной онкологии. Это связано с генетической и молекулярной гетерогенностью опухолей. Для решения этой проблемы было разработано направление «прецизионной онкологии», целью которой является создание схем лечения пациентов на основании генетических и молекулярных особенностей опухолей для каждого пациента отдельно.

Одним из значимых событий ушедшего сентября в данной области стала публикация обширной библиотеки, состоящей из 462 линий опухолевых клеток, полученных непосредственно из пациентов (patient-derived tumor cells (PDCs)) в результате хирургической резекции или набранных из асцитической жидкости. Данные линии были получены из опухолей 14 различных типов, в том числе злокачественных глиом, метастатических опухолей головного мозга, колоректальных раков, раков желудка, яичников, легких, молочных желез, почечно-клеточных раков и сарком.

Данные линии были секвенированы на основные онкогены, такие как TP53, PTEN, PIK3CA, EGFR, NF1, APC, KRAS и ATRX. Затем была составлена корреляция генома между PDCs и родительской опухолью, которая оказалась высокой для всех видов опухоли. Для оценки чувствительности опухоли была создана лекарственная панель, состоящая из 60 препаратов, включающих в себя ингибиторы рецепторов тирозинкиназы (RTK), эпидермальный ростовой фактор (EGFR), тромбоцитарный ростовой фактор (PDGFR), сосудисто-эндотелиальный ростовой фактор (VEGFR), фосфоинозитид-3-киназа (PI3K), протеинкиназы В (AKT)/(mTOR) и ингибиторы протеасом, полимераз и гистондеацетилаз (HDAC), посредством которой была произведена оценка чувствительности каждой клеточной линии к перечисленным препаратам. Всего было протестировано 27 720 комбинаций лекарства-PDCs.

В конце результаты данной работы были интегрированы в Интернет-ресурс the Cancer-Drug eXplorer (cDx), что обусловило возможность использования данных библиотеки непосредственно в клинической работе.

Источник

Lee J. K. et al. Pharmacogenomic landscape of patient-derived tumor cells informs precision oncology therapy //Nature Genetics. – 2018. – С. 1.